• Limitación del derecho de reunión y culto público, imponiéndose a los lugares de culto de confesiones minoritarias las disposiciones de actividades molestas insalubres o peligrosas o de discotecas, todo ello sin apoyo legal que lo justifique. De esta forma se ordenan precintos y clausuras de templos protestantes. Incluso recientemente se ha llegado a derribar, por primera vez en la historia, dos templos de gitanos sin la garantía de sentencia judicial firme.
• Imposibilidad de pertenecer al cuerpo de capellanes o ministros de culto que dan asistencia religiosa en centros públicos como son: cárceles, hospitales, o centros militares. Únicamente está regulada la integración orgánica de los ministros de cultos de religión católica.
• Dificultades para ejercitar el derecho de acceso a centros públicos para dispensar asistencia religiosa. Hasta el momento actual no se ha podido ofrecer asistencia religiosa en establecimientos militares y algunos hospitales públicos impiden o dificultan el acceso a los pastores protestantes cuando acuden a dar asistencia religiosa.
• Quebranto de la neutralidad religiosa de los cargos públicos favoreciendo la identificación de las instituciones con una determinada confesión religiosa. Imponer la medalla de honor de la Ciudad de Madrid a la Virgen de la Paloma, nombrar a la Virgen de El Escorial Alcalde Mayor del municipio, o designar a la imagen de la Virgen de Peñaroya-Pueblo Nuevo generala del Ejército español (año 2002) son ejemplos de ausencia de neutralidad.
• Restricciones por parte de algunos ayuntamientos del ejercicio del derecho de manifestación religiosa, negando el permiso para que los protestantes utilicen lugares públicos abiertos.
• No se permite que los Ministros de Culto coticen a la seguridad social por la asignación realmente percibida de sus Iglesias (solo por el salario mínimo interprofesional) y se prohíbe cotizar a otro tipo de personal religioso deteriorándose la protección social de los pastores evangélicos, sus esposas y sus hijos.
• Diferente trato fiscal. Un templo protestante puede costar un 16 por ciento más que uno católico. Sólo la Iglesia católica está exenta de IVA en los bienes destinados al culto.
• Los contribuyentes protestantes no pueden destinar a sus iglesias el 0,52 por ciento del Impuesto sobre la Renta. Únicamente existe casilla para destinar este importe a favor de la Iglesia Católica y/o instituciones con fines de bienestar social.
• Se concede únicamente a favor de la Iglesia Católica una asignación anual en los Presupuestos Generales del Estado negándose al resto de las confesiones religiosas esta posibilidad con la excusa de que es una situación transitoria. Esta transitoriedad se ha visto prorrogada durante más de 20 años.
• Discriminación en la obtención de suelo público para construir lugares de culto.
