De Trujillo aparecen en el Nuevo Mundo varios procesados por luteranos como fray Diego Pizarro, el maestro Orellana o Gonzalo Hernández Bermejo.
“Hallábase Hernández por los comienzos del año de 1561 en la ciudad de Concepción, cuando, en mala hora para él, «dijo y profirió con muchas personas que era mayor la fe que la caridad, y diciéndole que no era sino la caridad, porque así lo decía San Pablo, replicó diciendo que no era sino la fe, porque decía el Evangelio que quien creyese y fuese baptizado sera salvado, y diciéndole que cierto predicador lo había predicado así, que era mayor la caridad que la fe y que San Pablo lo decía así en sus epístolas, dijo que aunque se lo dijesen cuantos doctores había de aquí a Roma, que no lo creería, porque tenía por mayor la fe y que sobre ella se fundaban las demas, y que bien podía errarse San Pablo como hombre, dado que fuese alumbrado por el Espíritu Santo; y en otra platica que tuvo sobre lo susodicho, la dicha persona le dijo: «ven aca, vos no creéis lo que cree y tiene la Santa Madre Iglesia de Roma». Respondió el reo: «creo en Jesucristo»; y tornandole a replicar que si creía lo que tenía y creía la Santa Madre Iglesia de Roma, dijo que sí: «pues, si vos creéis eso ¿porque no creéis lo que ella tiene y cree? ya veis que es contra ella lo que vos decís»; y el dicho reo respondió que no quería creer a San Pablo sino a Jesucristo; y en otras platicas que con otras personas tuvo, sustentando que era mayor la fe que la caridad, para lo probar dijo que cuando llevaban a baptizar un niño, que no pedía sino fe, y que también estaban en las cartillas los catorce artículos de la fe, y que en ninguna de las cartillas se trataba de la caridad, y que cuando la Madalena había lavado los pies al Señor, dijo Jesucristo: «tu fe te ha hecho salva»; y que a la Cananea había dicho Nuestro Señor: «mujer, grande es tu fe»; y que él se quería estar en aquella opinión hasta que otras personas de mas letras se lo dijesen y le convenciesen por razones; y entre las dichas personas había un fraile predicador y un clérigo, y parece que el vicario de la Concepción le prendió e hizo proceso contra él, y le tomó su confesión, y confiesa haber pasado la dicha platica con la dicha persona y que él tenía aquella opinión siempre, y si era necesario moriría por la fe».
Después de haber pasado lo anterior, Hernández se presentó al vicario, protestándole de ser obediente y estarse a la corrección de la Iglesia, lo que, sin embargo, no impidió que fuese procesado por aquél como inquisidor ordinario. Estaba ya la causa en estado de sentenciarse y en poder del Obispo cuando llegaron las provisiones sobre el establecimiento del Tribunal del Santo Oficio en Lima, al cual se remitieron luego los antecedentes, y muy poco después el mismo Hernández, que había sido mandado prender con secuestro de bienes. Habiéndose tenido algunas audiencias con el reo para que se declarase acerca de las confesiones que tenía hechas ante el vicario de Concepción, expresó que todo lo había dicho «como hombre ignorante y con el celo y fervor que tenía de morir por la fe, y que lo retractaba una y muchas veces”.
Después de tres años de cárcel, Hernández se había enfermado hasta el extremo de que a mediados de junio de 1574 hubo de ser llevado a casa de un familiar donde se curase, para ser restituido nuevamente a su prisión a fines de agosto de ese año. «Examinamos, continúan los inquisidores, al dicho Gonzalo Hernández Bermejo sobre algunas cosas que resultaron de sus confesiones para declaración de su intención y confesión, y parece que en todas ellas no dice cosa de nuevo sino que había porfiado lo susodicho, no sabiendo ni entendiendo que la Santa Madre Iglesia católica romana tenía lo contrario; y subjetandose a la Santa Madre Iglesia católica romana, dice que él tiene y cree lo que ella tiene y cree, y fue advertido si tenía o quería hacer otras algunas defensas mas de las que hizo en la ciudad de la Concepción y para ello se le dio letrado con quien comunicó su causa y no quiso hacer otra ninguna diligencia, y por su parte se concluyó definitivamente, y visto por nós y por el ordinario y consultores, fue votado en conformidad, a que fuese puesto a cuestión de tormento y que se le diese a nuestro albedrío, y que se tornase a ver el proceso. Fuele dado el tormento, y habiéndole echado doce jarrillos de agua, no dijo cosa alguna y fue quitado dél; y tornado a ver el proceso, fue votado en conformidad que salga al auto público de la fe, en cuerpo, con su vela, en forma de penitente, y que allí le sea leída su sentencia y abjure
de vehementi, y que otro día le sean dados doscientos azotes, por las calles públicas desta ciudad, y que tenga esta ciudad por carcel tiempo de seis años”.
El proceso de Hernández Bermejo desde que se inició en Concepción hasta su salida al auto de 13 de abril de 1578, había tardado, pues, siete años.
